Do tính phổ biến của nó, Google Analytics dẫn tới một số mối quan ngại về vấn đề bảo mật. Mỗi khi có ai đó truy cập trang web sử dụng Google Analytics, nếu JavaScript được bật trong trình duyệt, thì Google sẽ theo dõi lượt truy cập đó qua địa chỉ IP của người dùng để xác định vị trí địa lý tương đối của người dùng. Để tuân thủ các yêu cầu pháp lý của Đức, Google Analytics có thể làm ẩn danh địa chỉ IP. 

Có các phương thức giúp cho Google có thể theo dõi ngay cả khi người dùng sử dụng các phần mềm chặn quảng cáo để chặn Google Analytics hay tắt chức năng JavaScript của trình duyệt. Google cũng phát triển các Plugin có tác dụng chặn các thông tin về hành vi sử dụng web của người dùng đến Google. Vì plugin này được sản xuất và phân phối bởi chính Google, nên nó đã vấp phải những tranh luận và chỉ trích. Hơn nữa, việc thực hiện các tập lệnh của Google theo dõi hành vi người dùng đã tạo ra nhiều plugin, thường là mã nguồn mở để từ chối theo dõi cookies. Các trình cắm này cung cấp cho người dùng sự lựa chọn, liệu có cho phép Google Analytics theo dõi các hoạt động của họ hay không. Tuy nhiên, một phần vì luật bảo mật riêng tư của châu Âu, hầu hết các trình duyệt hiện đại cho phép người dùng từ chối cookie theo dõi, mặc dù cookie Flash có thể là một vấn đề khác nữa.

Điều này đã được báo cáo trước rằng phía sau các máy chủ proxy và nhiều tường lửa, có thể gây ra lỗi thay đổi tem thời gian và đăng ký các tìm kiếm không hợp lệ. 

Các quản trị viên web tìm cách giảm thiểu các vấn đề bảo mật riêng tư của Google Analytics có thể sử dụng các phương án thay thế có backends của họ được lưu trữ trên máy của chính họ. Cho đến khi ngừng hoạt động, một ví dụ về sản phẩm như vậy là Phần mềm WebAnalytics Urchin từ chính Google. 

Vào ngày 20 tháng 1 năm 2015, Associated Press báo cáo rằng HealthCare.gov cung cấp quyền truy cập dữ liệu cá nhân của người đăng ký cho các công ty tư nhân chuyên quảng cáo. Google Analytics đã được đề cập trong bài viết đó.